При настройке купона, можно указать настройки его работы с товарами, которые уже со скидкой.

Если купон должен применятся только к тем товарам, которые идут без собственной скидки Добавлять скидку к обычной скидке — устанавливаем Нет

Если купон может накладываться на уже введенные скидки, указываем Да

В пункте При наложении, считать скидку от — выбираем от какой цены считать дополнительную скидку, от РРЦ или цены уже со скидкой.